Қуйидагилар Марказ фаолиятининг асосий йўналишлари этиб белгиланган:
- соғлом турмуш тарзини шакллантириш, юқумли бўлмаган касалликлар ва уларнинг хавф омилларига қарши курашиш ҳамда олдини олиш бўйича мақсадли дастурларни ишлаб чиқиш ва жорий этиш;
- соғлом турмуш тарзини тарғиб қилиш, зарарли одатларга қарши курашиш, аҳолининг тиббий маданиятини ривожлантириш, жисмоний тарбия-соғломлаштириш ва оммавий спорт ҳаракатини тиббиёт профилактикаси билан интеграциялаштириш бўйича оммавий тадбирларни ўтказиш;
- соғлом турмуш тарзини шакллантириш, юқумли бўлмаган касалликларнинг олдини олиш ва уларга қарши курашиш масалалари бўйича халқаро ташкилотлар билан ҳамкорлик қилиш;
аҳоли саломатлиги ҳолатини мониторинг қилишнинг ягона тизимини яратиш, замонавий ахборот ва инновацион технологияларини жорий этиш билан бирга умрни узайтириш ва саломатликни мустаҳкамлашга оид аниқ чора-тадбирлар ишлаб чиқиш ва тавсияларни татбиқ этишда кўмаклашиш; - умумэътироф этилган халқаро услублар асосида доимий популяция текширувлари ва юқумли бўлмаган касалликларнинг хавф омиллари бўйича сўровлар ўтказиш;
- нотўғри овқатланиш билан боғлиқ касалликларнинг олдини олиш ва тарқалиши даражасини камайтириш, кенг кўламда тушунтириш ишларини ташкил қилиш ва аҳолининг соғлом турмуш тарзи гарови сифатида тўғри овқатланиш тарғиботини кучайтириш;
- сифатнинг замонавий халқаро стандартларига мувофиқ озиқ-овқат маҳсулотларининг асосий турларини мамлакатимизда ишлаб чиқаришни кенгайтиришга қаратилган илмий-амалий тадқиқотлар ўтказиш;
- таълим муассасалари билан биргаликда юқумли бўлмаган касалликларнинг олдини олиш ва аҳолининг соғлом турмуш тарзини шакллантириш масалалари юзасидан кадрларни тайёрлаш, қайта тайёрлаш, малакасини ошириш ва узлуксиз касбий ривожланиши бўйича тадбирларни ташкил қилиш ва уларда иштирок этиш.